Từ ý tưởng của một nhóm cổ động viên bóng đá người Anh và Ý sống tại Milano, A.C. Milan được khai sinh vào ngày 16 tháng 12 năm 1899 với tên ban đầu Milan Foot-Ball and Cricket Club (Câu lạc bộ bóng đá và cricket Milan[1]). Sự ra đời của câu lạc bộ này được công bố chính thức trên tờ La Gazzetta dello Sport hai ngày sau, ngày thứ hai 18 tháng 12, theo đó chủ tịch đầu tiên của câu lạc bộ là một người Anh có tên Alfred Edwards, đồng sáng lập với Edwards còn có Barnett, Allison, Nathan, Davies và Herbert Kilpin.[2]

Tới tháng 1 năm 1900 thì câu lạc bộ được kết nạp vào Liên đoàn bóng đá Ý (tiếng Ý: Federazione Italiana Football) và tới tháng 4 thì đội có trận đấu chính thức đầu tiên, đó là cuộc đối đầu với câu lạc bộ FC Torinese tại vòng bán kết của Giải vô địch bóng đá Ý 1900 (Campionato 1900).[3] Một tháng sau vào ngày 27 tháng 5, câu lạc bộ có danh hiệu đầu tiên, Medaglia del Re (Huy chương Nhà vua) sau chiến thắng 2-0 trước Juventus. Ngay trong năm thứ hai tham gia giải bóng đá quốc gia, Milan đã giành chức vô địch sau khi cắt đứt mạch vô địch liên tiếp của câu lạc bộ Genoa bằng chiến thắng 3-0 trước đội bóng này trong trận chung kết. Hai chức vô địch giải hạng nhất (Prima Categoria) tiếp theo của Milan đến vào hai năm liên tiếp 1906 và 1907 nhờ chiến thắng trước Juventus tại trận chung kết năm 1906 và vị trí thứ nhất trong bảng chung kết năm 1907, xếp trên hai đội Torino và Andrea Doria. Chỉ một năm sau, nội bộ lục đục của đội bóng đã khiến một nhóm cầu thủ tách ra và thành lập một đội bóng mới lấy tên Football Club Internazionale Milano hay Inter Milan.[4] Trong khi ngay ở mùa giải 1909-10, câu lạc bộ mới Inter đã ngay lập tức giành danh hiệu vô địch quốc gia thì ở giai đoạn tiếp theo Milan chỉ có vị trí cao nhất là thứ hai vào các mùa 1910-11 và 1911-12. Bốn năm sau, Giải vô địch bóng đá Ý phải tạm ngừng và thay thế vào đó là Cúp liên đoàn 1915-16 (Coppa Federale), tại giải đấu này Milan cuối cùng đã giành được chức vô địch sau khi xếp trên kình địch Juventus.

Năm 1919, Milan Foot-Ball and Cricket Club được đổi tên thành Milan Football Club (Câu lạc bộ bóng đá Milan).[1][5] Cái tên mới cũng đánh dấu cho một giai đoạn thi đấu sa sút của đội bóng, tuy vẫn được thi đấu tại giải hạng nhất nhưng Milan thường kết thúc mùa giải chỉ với vị trí ở giữa bảng xếp hạng, thứ hạng cao nhất của họ chỉ là vị trí thứ ba vào các mùa 1937-38 (kém ba điểm so với đội vô địch Inter) và 1940-41 (kém năm điểm so với đội đầu bảng Bologna). Những ngôi sao hiếm hoi trong giai đoạn này của Milan là Aldo Boffi và Giuseppe Meazza, cầu thủ sau này được đặt tên cho sân vận động của Milan, Sân Giuseppe Meazza, vốn cũng được xây dựng trong giai đoạn này với tên ban đầu San Siro. Sân San Siro được xây dựng vào năm 1926 nhờ những nỗ lực của chủ tịch câu lạc bộ khi đó là Piero Pirelli. Cho tới năm 1948 thì đây là sân nhà của duy nhất Milan vì câu lạc bộ cùng thành phố Inter lấy sân Arena Civica làm sân nhà của họ.[6]

Năm 1936 câu lạc bộ một lần nữa đổi tên từ Milan Football Club thành Milan Associazione Sportiva (Câu lạc bộ thể thao Milan),[7][8] cái tên này bị "Ý hóa" theo lệnh của Chế độ Mussolini vào năm 1939 thành Associazione Calcio Milano (Câu lạc bộ bóng đá Milano).[9] Sau khi Chiến tranh thế giới thứ hai kết thúc, câu lạc bộ quay lại với tên gọi tiếng Anh của mình, Associazione Calcio Milan (Câu lạc bộ bóng đá Milan)[10] hay viết tắt là A.C. Milan và giữ nguyên nó cho tới ngày nay.[11]